Sở Y tế TP Hải Phòng có 63 đơn vị sự nghiệp trực thuộc sau hợp nhất

Trong đó, có 31 đơn vị tuyến thành phố, 32 đơn vị là các bệnh viện, trung tâm y tế khu vực. Ngoài ra còn có 374 trạm y tế tuyến cơ sở trực thuộc trung tâm y tế khu vực.

Sở Y tế TP Hải Phòng có 6 phòng chuyên môn và 2 chi cục. Các phòng chuyên môn gồm Tổ chức – Hành chính, Kế hoạch – Tài chính, Nghiệp vụ y, Nghiệp vụ dược, Quản lý hành nghề y dược, Phòng chống tệ nạn và Bảo trợ xã hội. 2 chi cục là An toàn vệ sinh thực phẩm, Dân số và Trẻ em.

Ban Giám đốc Sở Y tế TP Hải Phòng có 7 người gồm giám đốc và 6 phó giám đốc. Phó Giáo sư, Tiến sĩ Lê Minh Quang, Giám đốc Sở Y tế Hải Phòng cũ được bổ nhiệm giữ chức vụ giám đốc sở hiện nay.

31 đơn vị sự nghiệp công lập tuyến thành phố gồm 19 bệnh viện và 11 trung tâm. 19 Bệnh viện gồm: Hữu nghị Việt Tiệp, Đa khoa Hải Dương, Phụ sản Hải Phòng, Phụ sản Hải Dương, Nhi Hải Phòng, Nhi Hải Dương, Phổi Hải Phòng, Phổi Hải Dương, Kiến An, Mắt Hải Phòng, Mắt và Da liễu Hải Dương, Sức khỏe tâm thần Hải Phòng, Sức khỏe tâm thần Hải Dương, Y học cổ truyền Hải Phòng, Y học cổ truyền Hải Dương, Phục hồi chức năng Hải Phòng, Phục hồi chức năng Hải Dương, Nhiệt đới Hải Dương, Phong Chí Linh.
11 Trung tâm: Da liễu Hải Phòng, Cấp cứu 115 Hải Phòng, Kiểm soát bệnh tật Hải Phòng, Kiểm nghiệm thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm Hải Phòng, Kiểm dịch y tế quốc tế, Pháp y Hải Phòng, Giám định y khoa Hải Phòng, Điều dưỡng người tâm thần Hải Phòng, Điều dưỡng người tâm thần Hải Dương, Nuôi dưỡng bảo trợ xã hội Hải Phòng, Nuôi dưỡng bảo trợ xã hội Hải Dương, Công tác xã hội và Bảo trợ trẻ em Hoa Phượng.
5 bệnh viện đa khoa khu vực: Vĩnh Bảo, An Lão, Ngô Quyền, Thủy Nguyên, Đôn Lương. 27 trung tâm y tế khu vực: An Dương, An Lão, Cát Hải, Dương Kinh, Đồ Sơn, Hải An, Hồng Bàng, Kiến An, Kiến Thụy, Lê Chân, Ngô Quyền, Tiên Lãng, Thủy Nguyên, Vĩnh Bảo, Bạch Long Vĩ, Bình Giang, Cẩm Giàng, Chí Linh, Gia Lộc, Kim Thành, Kinh Môn, Nam Sách, Ninh Giang, Thanh Miện, Tứ Kỳ, Thanh Hà, Hải Dương.